Situado na ilha de Tsushima, no ano de 1274, o jogo gira em torno de um dos últimos samurais da ilha, Jin Sakai, durante a primeira invasão mongol do Japão. Os exércitos do Império Mongol, utilizando armas e táticas militares desconhecidas pelos japoneses, conquistaram e devastaram muitos países, e Tsushima é tudo o que existe entre eles e o continente do Japão. A ilha foi devastada pela primeira onda da invasão mongol; suas forças samurais foram facilmente derrotadas, permitindo que os invasores conquistassem grandes extensões de território, onde aterrorizavam os habitantes locais e reuniam recursos para fortalecer suas forças. Jin é um dos poucos sobreviventes de seu clã, exterminado enquanto tenta defender a ilha. Com seu mundo destruído, Jin percebe que a maneira como ele foi treinado para lutar é inútil contra um inimigo tão poderoso. Por fim, ele deve aprender o caminho do Ghost, um estilo de luta não convencional que enfatiza ataques de pequena escala, criando medo nas mentes do inimigo e usando suas próprias armas contra eles, para derrotar os mongóis e impedir que eles lancem um ataque completo. invasão do continente. O protagonista, Jin Sakai (Daisuke Tsuji), é um guerreiro samurai. Seu amigo e companheiro Masako é um samurai feminino. O principal antagonista é o implacável e astuto general Khotun Khan do Império Mongol (Patrick Gallagher). Outros personagens incluem Onibaba (Minae Noji), a Alta Sacerdotisa (Hira Ambrosino) e Ippei, o Monge (Keisuke Hoashi).